Mari steuert Unit-05, um den dritten Engel zu vernichten. Asuka und EVA-02 besiegen den siebten Engel. Der achte Engel erscheint und überfällt das NERV-Hauptquartier. Das Kommando von EVA-03 wird beim Testen vom neunten Engel übernommen und Shinji will ihn stoppen, aber merkt, dass Asuka an Bord ist. Gendoh wechselt die EVA-01-Steuerung zum Dummy System und beginnt, gegen EVA-03 zu kämpfen...
