Mari Illustrious-Makinami styr provisorisk enhet 05 för att besegra den uppgrävda tredje ängeln. Asuka Langley-Shikinami och EVA-02 besegrar sjunde ängeln. Åttonde ängeln dyker upp och attackerar NERV-högkvarteret. EVA-03 tas över av nionde ängeln under testning och Shinji får uppdraget att stoppa den, men får veta att Asuka är ombord. Gendoh sätter EVA-01 på autopilot och strider mot EVA-03.
